土壤中的有机质能显着改进土壤的理化性状，使土壤耕性变好，渗水才能增强，进步土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防涝才能，增产明显，这是化肥不能代替的。添加土壤有机质的方法主要是增施有机肥，包括人畜粪尿、土杂肥、秸秆、商品有机肥等。
有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
