有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。
有机肥料含有植物所需要的许多营养成分、微量元素、糖类和脂肪。有机肥分化开释的CO2可作为物光合效果的材料。有机肥还含有氮、磷、钾5%三要素，有机质45%，可为农作物供给的营养。不得不提的是有机肥在土壤中分化，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附功能，对重金属离子有很好的络合吸附效果，能有效地减少重金属离子对作物的毒害，并阻挠其进入植株中，并且维护植腐殖酸物质物的根茎。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
