微生物肥料具有“四两拨千斤”的独特功能，既能活化土壤，提升肥效，又能保障农产品质量安全，是农业可持续发展不可缺失的投入品。同样，微生物肥料功能多样，能够充当分解者(秸秆分解、土壤有毒有害物质降解)、转化者(磷、钾、钙、镁等养分的有效形态转化)、生产者(生物固氮、产生各种促生物质)等。 据数据显示，与传统肥料相比，生物肥料通过调控土壤微生物区系能够让作物增产20%，可减少20%的化肥与农药。
有机肥中的有利微生物运用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其间含有许多的促成长类物质。如成长素，能促进植物伸长成长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，添加开花数、保果率，进步产值，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，到达增产增收。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
