虽然目前我国乡村旅游的大好形势是上下重视，发展如雨后春笋，但是却依然存在很多问题：一是同质：政策之雨滋润的不能仅仅是一片春笋，更应该是百花争艳。二是粗放：乡村百花中，不仅要有艳丽之花，更要有馨香之花;不仅要有多品种，更要有高品质。三是忽视乡土性：有些地方乡村旅游产品一追求就丢掉乡土特色，以为城市化、洋化。
首先目前大多数政府和企业对乡村旅游层面理解不深，概念混乱。
观光旅游严重地降低了乡村旅游的丰富性，掩盖了乡村旅游所包含的其他类型。许多乡村旅游景区多以单纯的农业观光为主，多数乡村旅游产品未能真正体现乡村旅游的各个层面，有的甚至歪曲了乡村旅游的内涵，影响了产品的吸引力。
其次，资源开发各自为政。
在乡村旅游开发和经营中普遍存在各自为政的现象，资源与资金没有形成有效合力，乡村旅游普遍存在规模小、经营者品牌意识淡薄的现象。在乡村旅游开发中片面强调对乡村自然资源的开发，而忽视了乡土文化、乡村民俗等文化内涵开发以及对乡村旅游文化狭义和片面的理解，忽视了对农村其他资源的开发和利用。
第三，乡村旅游缺乏合理有效的规划和策划。
由于资金缺乏，没有对旅游资源进行论证、规划和策划就匆忙上马，开发中只重规模，不讲质量，粗制滥造，许多乡村旅游开发存在较大盲目性，只考虑当前，不顾长远，有的乡村旅游开发本身就是一种破坏。此外，部分乡村在开发乡村旅游时，人工痕迹过于明显，农村旅社建成高楼大厦，城市化倾向严重，影响乡村旅游的特色。
第四，乡村旅游人才非常匮乏。
由于乡村旅游的开发和研究均处于较低层次，针对乡村旅游的经营管理人员相对较少，对乡村旅游从业人员缺乏系统有效的培训。在实际的乡村旅游操作中，许多乡村旅游区的管理人员由村干部兼任或由当地农民担任。乡村旅游管理人员和从业人员素质普遍低下，乡村旅游的迅速发展与低素质乡村旅游经营管理人员和从业人员相矛盾，乡村旅游处于粗放经营，形成轻管理、低质量、低收入的恶性物循环中，严重制约了中国乡村旅游业的发展。
