洁净实验室设计时，预先考虑和计算好机械设备占用面积很重要，在设计阶段，要秉持灵活性原则，为未来发展需要做好准备，这样的实验室设计方案更利于进一步的扩张和修改，以及添加新设备和工具。
1. 洁净实验室设计要求墙壁管道系统可容纳较多的管道、电力设施。
2. 洁净实验室设计要求气闸能帮助最小化和防止可能影响工作流程的压力变化。因为洁净室内可能存在大量灰尘、污垢颗粒、有害化学物质和其他污染物等。
3. 洁净实验室设计要求在可能的情况下更换绝缘材料并在必要时安装电力技术。让洁净室管理人员进行静态审核以识别潜在问题以及可能导致问题的原因非常重要。
4. 洁净实验室设计要求做好温湿度控制，因为洁净室实验需要控制温湿度以防止腐蚀、防止工作面冷凝，并减少放电。
5. 洁净实验室设计要求给洁净室加压，使洁净室保持在大气压的静压下，并设置空气压力梯度，使空气从清洁区域向非清洁区域流动。（注：正压差在一种情况下有所例外：即蒸镀机构在处理某些有害物质时要求房间处于负压）。
6. 洁净实验室设计要求必须安装HEPA过滤器，这对于控制污染至关重要。
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