根据甲基环己烷的毒理学信息 按国家规定划分危害程度分级，所以甲基环己烷毒性偏少，甚至无毒。 然而 化工原料都是会发生各种化学反应，并不能完全做到无毒无害。如果说甲基环己烷是无毒，这种回答是片面的。防护到位，确实对人体无健康隐患，但是生产企业怎么使用，这对环境影响很多。化工原料污染环境是最严重的了，如果由于化工生产条件的特殊性，如反应条件没有控制好，或催化剂没有及时更换，或者未来安全而大量排气，排液，或生成了不需要的东西，这种废气，废液和不需要的东西，数量比平时多，浓度比平时高，也会造成环境污染的。甲基环己烷生产期间，如果排放不合理，对水体，土壤，大气可造成污染。
甲基环己烷主要有纯度≥99.8％和纯度≥99.0％两种类型产品，在市场中，纯度≥99.8％的产品备受青睐，市场占比约为82%左右。就产品的应用来看，甲基环己烷主要被应用在橡胶、涂料、色谱分析、有机合成等，领域，其中橡胶和涂料是主要应用领域。
甲基环己烷，有机化合物，微毒，皮肤接触可引起发红、干燥、皲裂、溃疡等现象。主要用作溶剂、色谱分析标准物质，以及作为校正温度计的标准，也用于有机合成。用作橡胶、涂料（包括涂改液）、清漆用溶剂、油脂萃取溶剂等。储存于阴凉、通风的库房。远离火种、热源。库温不宜超过30℃。保持容器密封。应与氧化剂分开存放，切忌混储。采用防爆型照明、通风设施。
