医疗器械净化车间的建设是一项系统工程，主要包括建筑装饰、净化空调系统、各种动力公用设施和安全设施、各种管道和线路等。其中，建筑装饰主要包括隔墙、吊顶、地面、常规配套插座、各种配套辅助设备等。净化车间的隔墙和吊顶主要是净化板制作成的。
目前净化板主要分为岩棉净化板、纸蜂窝净化板、玻镁净化板、自熄性聚苯乙烯净化板、聚氨酯净化板等。根据芯材不同。所以价格也不尽相同，净化板不同材质的选择对净化车间的总成本影响很大。
空调机组系统是净化车间的主要组成部分，净化车间的使用效果直接关系到空调机组。好的空调机组可以保证净化车间各个受控机组的参数，如空气洁净度、温湿度、风量、压差等，而坏的机组可能会使受控机组的参数达不到标准。目前空调机组市场鱼龙混杂，选择知名度较高的品牌很重要。当然，大品牌单位的价格也很漂亮。单位成本是影响净化车间总成本的重要因素。