洁净手术室的选址一方面关系到与相关科室的合作是否便利、方便，另一方面，由于手术室的设备层会发生设备噪音、进排风噪音、及设备运行轰动等，其选址还要考虑对周围的环境影响，甚至要考虑其相关相邻的科室发生的设备噪音、气体排放等对周围环境的影响。其他如水、电、气、汽管路长短，手术室设备运输及后期修理（更新）等。这些因素都需要在前期选址规划时充分考虑。 洁净手术室一般设在病房楼，门诊手术室设在门诊楼，急诊手术室设在急诊科。洁净手术室选址或在病房楼5层以下，或处在病房楼中间层，或设在病房楼顶层。不同的选址各有利弊。
洁净手术室选址在5层以下 其长处是附近门诊医技，而且可以与门诊手术室、急诊手术室等近距离同享病理科、消毒供应室等，给排水管路、气体管路、线缆及桥架均较短（供水设备、气源、配电室一般坐落一层或地下室），污物运送途径也很短。 缺陷是设备层会对附近楼层形成影响，尤其是附近楼层设病区时。 洁净手术室选址在中间层 其长处是可以完成手术室净化设备与病房楼设备层设备集成布置，一半病区运送术前术后病人途径大大缩短。给排水管路、气体管路、线缆及桥架敷设长度居中，污物运送途径长短也居中。 缺陷是设备层会对附近楼层病区形成影响，无法与门诊手术室、急诊手术室近距离同享病理科、消毒供应室。
需要注意哪些事项 1、实验室净化车间严禁饮食、吸烟，一切化学药品制止入口。 2、进入洁净室前，个人物品须放入指定的柜子，去掉化妆和首饰，换上指定的洁净服、鞋。 3、运用易燃、易爆、腐蚀和有毒的化学药品及电器设备等时，应严格遵守操作规程。运用电器设备应特别仔细，切不可用湿润的手去开启电闸和电器开关。凡是漏电的仪器不要运用，以防触电。 4、退出洁净室时，在更衣区前不允许脱掉洁净工作服；脱去工作服后若再进入洁净室内，仍需按进入洁净室的规定顺序进行