塘底淤泥和鱼类的排泄物经硝化作用产生氨，氨在硝化过程中生成中间产物—亚硝酸盐；淤泥中的硫酸盐还原菌还原硫酸盐，以及由异氧菌分解硫化物产生硫化氢。氨、亚硝酸盐、硫化氢是鱼类生存、生长过程中的剧毒物质。能使鱼类处于不安定状态，食欲下降，饵料系数增加，抵抗力减弱；浓度大时，会使鱼中毒死亡。
水下清淤时应注意纠偏幅度不宜过大，频率不宜过高。 水下清淤制作底节沉井围堰，浮运至墩位处定位，通过水上起重设备起吊，放入水中浮起，并用导向船和缆绳将其在流水中定位，在向空壁中注水压重下沉并逐层接高压重，同时吸泥下沉。 水下清淤当围堰下沉至岩面时，可以将刃脚与岩面空隙填实，再向空壁中注水压重使其不再悬浮。
河道淤泥处理的化学固化技术因其较低的处置成本低，且处置过程无污染、资源化利用效率高、固化体稳定性好等优点，成为我国大力支持的河道淤泥处置技术。然而，由于河道淤泥含水率和有机质含量均较高，严重影响了固化效果和固化体的强度，开发高效绿色的新型固化材料，成为支撑河道淤泥无害化利用的关键。